Если бы дело было в блокировке доступа к rutracker.org, то Utorrent на Windows тож не сидировал бы, а он успешно сидирует.
В итоге за прошедшую ночь Transmission таки чето засидировал, т.е. дело не в блокировках. Есть ощущение, что Utorrent просто лучше работает за NAT, чем Transmission в Keenetic'е. Установки вот такие: