Возникла точно такая же проблема, удалось ли найти какое-нибудь решение?
Заметил возможную проблему, правила, которые добавляются в 100-fwmarks.sh практически мгновенно удаляются (раньше висели и их можно было отгрепать в iptables-save). Возможно, это и приводит к обрывам.