Добавлю к проблеме Версия 3.9.2, KN-2710, настройка с нуля.
Транзит DNS запросов не работает, если клиент из основной политики доступа (Приоритеты подключений / Политики подключений) был перенесен в созданную руками. При этом основное соединение (RT PPPoE) есть в обеих. Транзит не работает ни с дефолтным (системным) DNS профилем, ни с созданным.
Как только возвращаешь клиента на основную политику, транзит снова начинает работать.