Попробуйте почитать тут и проверить что все ок.
Проверка iptables
Проверить то, что iptables-правило сработало можно с помощью:
iptables-save | grep 65053
Если правила нет, то можете запустить его руками и посмотреть где ошибка:
table=nat /opt/etc/ndm/netfilter.d/010-intercept-dns.sh
Проверка работы dnsmasq
Проверить то, что dnsmasq запущен можно с помощью:
pidof dnsmasq
Если PID процесса не выводится, значит, процесса нет. Надо посмотреть в системном журнале на что жалуется dnsmasq при старте:
/opt/etc/init.d/S56dnsmasq start
Проверьте также, что в настройках кинетика отключены DNS-службы Yandex.DNS/SkyDNS.
Клиенты кинетика должны получать DNS автоматически.
Настройки вступят в силу после сброса DNS-кэша операционной системы и браузера.