Вернулся на прошлую прошивку(3.6.12), где не поломана работа с NTFS. Выставил в настройках transmission preallocation 1. И при добавлении больших файлов ограничиваю скорость закачки до 1МБ/с, пока не увижу что место на диске зарезервировано(буквально несколько секунд). Потом выставляю скорость на максимум. Таким образом получается обходиться без перезагрузок, и всё качается на полной скорости и без ошибок. Закачки, начатые на прошивке 3.7.1 пришлось перекачивать, они всё равно с ошибками качались.