Просто, как вам правильно написали выше, вариант с ручным редактированием settings.json не предусмотрен, поэтому если выполнить то же самое, что делает веб-интерфейс, через CLI вручную, файл тоже перезапишется.
Это как раз предусмотренный вариант, будет хорошо, если вам он подойдет.